A história de Chrono Cross é focada no adolescente chamado Serge e na temática de mundos paralelos. De cara com uma realidade alternativa na qual morreu ainda criança, Serge parte em busca da verdade em torno da divergência entre os dois mundos.

Chrono Cross traz um sistema de combos permite que o jogador escolha entre três níveis de ataques, e junte-os de forma a produzir um conjunto de golpes efetivo. Assim como o sistema de batalha, o sistema de magias de Chrono Cross introduz novas estratégias ao jogo, mudando a visão dos ataques especiais.